Tại kì họp thứ 32 vào tháng 12 năm 2018, Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa 12 đã quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với Thiếu tướng Đặng Ngọc Nghĩa vì trong thời gian giữ chức vụ Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh Thừa Thiên Huế (từ tháng 04-2005 - 01-2012), ông đã có nhiều vi phạm trong việc thực hiện Dự án đầu tư xây dựng tuyến đường Nam Đông - A Lưới khiến cho công trình kém chất lượng bị hư hỏng nặng nề, không sử dụng được, gây thất thoát, lãng phí lớn ngân sách nhà nước, ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức đảng, quân đội.[5][6]